AAI-based medoid clustering

The AAI clusters provide a good overview of the above-species structure of the datasets and facilitate taxonomic classification.

• AAI clade 1 medoid: GCA 017502845 1
  • AAI clade 1-1 medoid: GCA 900546775 1
  • AAI clade 1-2 medoid: GCA 905221215 1
  • AAI clade 1-3 medoid: GCF 015326965 1
  • AAI clade 1-4 medoid: GCF 900094905 1
  • AAI clade 1-5 medoid: GCF 008764295 1
  • AAI clade 1-6 medoid: GCA 900551895 1
  • AAI clade 1-7 medoid: GCF 009193305 1
  • AAI clade 1-8 medoid: GCA 017503135 1
  • AAI clade 1-9 medoid: GCA 900552565 1
  • AAI clade 1-10 medoid: GCA 017411305 1
  • AAI clade 1-11 medoid: GCF 001465345 1
  • AAI clade 1-12 medoid: GCA 900759455 1
  • AAI clade 1-13 medoid: GCF 015207245 1
  • AAI clade 1-14 medoid: GCA 017960805 1
  • AAI clade 1-15 medoid: GCA 001604115 1
  • AAI clade 1-16 medoid: GCA 900551775 1
  • AAI clade 1-17 medoid: GCA 016929555 1
  • AAI clade 1-18 medoid: GCF 004770145 1
  • AAI clade 1-19 medoid: GCF 004745505 1
  • AAI clade 1-20 medoid: GCA 900761225 1
  • AAI clade 1-21 medoid: GCA 900556695 1
    • AAI clade 1-21-1 medoid: GCA 900556695 1
      • AAI clade 1-21-1-1 medoid: GCA 900556695 1
        • AAI clade 1-21-1-1-1 medoid: GCA 900556695 1
          • AAI clade 1-21-1-1-1-1 medoid: GCA 900556695 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-1 medoid: GCA 000431335 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-2 medoid: GCA 000434035 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-3 medoid: GCA 900552555 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-4 medoid: GCA 017613275 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-5 medoid: GCA 001303765 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-6 medoid: GCA 002441125 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-7 medoid: GCA 001771545 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-8 medoid: GCA 001872925 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-9 medoid: GCA 001872945 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-10 medoid: GCA 003525075 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-11 medoid: GCA 900754285 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-12 medoid: GCA 002176905 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-13 medoid: GCA 002305115 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-14 medoid: GCA 900556345 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-15 medoid: GCA 017510825 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-16 medoid: GCA 017456555 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-17 medoid: GCA 002688185 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-18 medoid: GCA 002714425 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-19 medoid: GCA 002721445 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-20 medoid: GCA 015489055 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-21 medoid: GCA 016218625 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-22 medoid: GCA 002898315 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-23 medoid: GCA 003246505 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-24 medoid: GCA 003518755 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-25 medoid: GCA 003648245 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-26 medoid: GCA 900555075 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-27 medoid: GCA 900555835 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-28 medoid: GCA 011390075 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-29 medoid: GCA 012517765 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-30 medoid: GCA 013287265 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-31 medoid: GCA 900553945 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-32 medoid: GCA 015056485 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-33 medoid: GCA 018818755 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-34 medoid: GCA 016935395 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-35 medoid: GCA 905215845 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-36 medoid: GCA 017465925 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-37 medoid: GCA 900759475 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-38 medoid: GCA 905198755 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-39 medoid: GCA 017651625 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-40 medoid: GCA 017860675 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-41 medoid: GCA 018825365 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-42 medoid: GCA 018829865 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-43 medoid: GCA 018903255 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-44 medoid: GCF 000245755 1
              2 datasets: GCA 900550345 1 (AAI: 47.19%) and GCF 000245755 1 (AAI: 100.0%)
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-45 medoid: GCA 905200315 1
            • AAI clade 1-21-1-1-1-1-46 medoid: GCF 000021565 1
          • AAI clade 1-21-1-1-1-2 medoid: GCA 900317935 1
        • AAI clade 1-21-1-1-2 medoid: GCA 905215935 1
        • AAI clade 1-21-1-1-3 medoid: GCA 016183265 1
      • AAI clade 1-21-1-2 medoid: GCA 900553015 1
    • AAI clade 1-21-2 medoid: GCA 002404755 1
  • AAI clade 1-22 medoid: GCA 017504995 1
  • AAI clade 1-23 medoid: GCA 900550055 1
  • AAI clade 1-24 medoid: GCA 017464135 1
  • AAI clade 1-25 medoid: GCA 014860805 1
• AAI clade 2 medoid: GCA 002434265 1
• AAI clade 3 medoid: GCA 013002175 1
• AAI clade 4 medoid: GCA 900110395 1
• AAI clade 5 medoid: GCA 012798955 1
• AAI clade 6 medoid: GCA 013415575 1
• AAI clade 7 medoid: GCF 008638345 1
• AAI clade 8 medoid: GCF 000807255 1
• AAI clade 9 medoid: GCF 001050135 1
• AAI clade 10 medoid: GCA 002717245 1
• AAI clade 11 medoid: GCA 017478625 1
• AAI clade 12 medoid: GCA 009773355 1
• AAI clade 13 medoid: GCA 905200435 1
• AAI clade 14 medoid: GCA 017516885 1
• AAI clade 15 medoid: GCA 004321885 1
• AAI clade 16 medoid: GCA 905236305 1
• AAI clade 17 medoid: GCA 017648525 1
• AAI clade 18 medoid: GCA 019113065 1
• AAI clade 19 medoid: GCA 016795075 1
• AAI clade 20 medoid: GCF 001467025 1
• AAI clade 21 medoid: GCA 017642855 1
• AAI clade 22 medoid: GCA 017408305 1
• AAI clade 23 medoid: GCA 002436405 1