AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-44 | MiGA Online

skip navigation

AAI-based medoid clustering

The AAI clusters provide a good overview of the above-species structure of the datasets and facilitate taxonomic classification.

AAI clade 1 medoid: Brucella daejeonensis GCA 014199265 1
AAI clade 2 medoid: GCA 017448355 1
AAI clade 3 medoid: GCA 017467885 1
AAI clade 4 medoid: Pedobacter duraquae GCA 004362245 1
AAI clade 5 medoid: Streptomyces angustmyceticus GCA 002154415 1
AAI clade 6 medoid: Pseudomonas migulae GCA 024169545 1
AAI clade 7 medoid: miga SS18A Bin 41 contigs
AAI clade 8 medoid: Mucilaginibacter ginkgonis GCA 009754905 2
AAI clade 9 medoid: GCA 900755995 1
AAI clade 10 medoid: GCF 013113835 1
AAI clade 11 medoid: Secundilactobacillus odoratitofui DSM 19909 JCM 15043 GCA 001434895 1
AAI clade 12 medoid: GCA 016840965 1
AAI clade 13 medoid: GCA 017622235 1
AAI clade 14 medoid: GCA 904390925 1
AAI clade 15 medoid: GCA 002375985 1
AAI clade 16 medoid: GCA 003963015 1
AAI clade 17 medoid: GCA 001771585 1
AAI clade 18 medoid: GCF 018398895 1
AAI clade 19 medoid: GCA 001295775 1
AAI clade 20 medoid: Qipengyuania aquimaris GCA 009827445 1
AAI clade 21 medoid: GCF 009363535 1
AAI clade 22 medoid: GCA 904374795 1
AAI clade 23 medoid: GCA 903955385 1
AAI clade 24 medoid: GCA 903887975 1
AAI clade 25 medoid: GCA 902602655 1
AAI clade 26 medoid: GCA 905235755 1
AAI clade 27 medoid: Anaerovorax odorimutans DSM 5092 GCA 000426305 1
AAI clade 28 medoid: GCA 903909555 1
AAI clade 29 medoid: Marinomonas aquimarina GCA 900089755 1
AAI clade 30 medoid: GCA 015061955 1
AAI clade 31 medoid: GCA 000421065 1
AAI clade 32 medoid: GCA 002438845 1
AAI clade 33 medoid: GCA 003602665 1
AAI clade 34 medoid: GCA 910585295 1
AAI clade 35 medoid: Nocardioides iriomotensis GCA 004168035 1
AAI clade 36 medoid: GCA 017608235 1
AAI clade 37 medoid: GCF 004332155 1
AAI clade 38 medoid: GCA 009712635 1
AAI clade 39 medoid: GCA 903926605 1
AAI clade 40 medoid: GCA 017645955 1
AAI clade 41 medoid: GCA 016793015 1
AAI clade 42 medoid: GCA 900538305 1
- AAI clade 42-1 medoid: GCA 900550055 1
- AAI clade 42-2 medoid: GCA 900770865 1
- AAI clade 42-3 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
  - AAI clade 42-3-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: Collinsella aerofaciens GCA 900461335 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1 medoid: GCA 018373675 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900540095 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: GCA 900540895 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-4 medoid: GCA 900540905 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-5 medoid: GCA 900541725 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-6 medoid: GCA 900541885 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-7 medoid: GCA 900542305 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-8 medoid: GCA 900542315 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-9 medoid: GCA 900542555 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-10 medoid: GCA 900543605 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-11 medoid: GCA 900543615 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-12 medoid: GCA 900544205 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-13 medoid: GCA 900544235 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-14 medoid: GCA 900544425 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-15 medoid: GCA 900545445 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-16 medoid: GCA 900545605 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-17 medoid: GCA 900546115 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-18 medoid: GCA 900547025 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-19 medoid: GCA 900548075 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-20 medoid: GCA 900548255 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-21 medoid: GCA 900548515 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-22 medoid: GCA 900548815 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-23 medoid: GCA 900549195 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-24 medoid: GCA 900549655 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-25 medoid: GCA 900552705 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-26 medoid: GCA 900554255 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-27 medoid: GCA 900554905 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-28 medoid: GCA 900751695 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-29 medoid: GCA 900751755 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-30 medoid: GCA 900752425 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-31 medoid: GCA 900752545 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-32 medoid: GCA 900754435 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-33 medoid: GCA 900755005 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-34 medoid: GCA 900756725 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-35 medoid: GCA 900759435 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-36 medoid: GCA 900761085 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-37 medoid: GCA 900761155 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-38 medoid: GCA 900762325 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-39 medoid: GCA 900762345 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-40 medoid: GCA 900762355 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-41 medoid: GCA 900768265 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-42 medoid: GCA 905210085 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-43 medoid: GCA 905214425 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-44 medoid: GCA 905214525 1
    
    1 dataset: GCA 905214525 1 (AAI: 100.0%)
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-45 medoid: GCA 905214895 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-46 medoid: GCF 001404695 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-47 medoid: GCF 003439125 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-48 medoid: GCF 003466125 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-49 medoid: GCF 003470665 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-50 medoid: GCF 009876115 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-51 medoid: GCF 015553355 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-52 medoid: GCF 019131995 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 905197385 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: GCA 905215195 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900552145 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: GCA 900751665 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-4 medoid: GCA 900765185 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-5 medoid: GCA 905198825 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900541475 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: GCA 900547505 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-4 medoid: GCA 900554455 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-5 medoid: GCA 900752475 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-6 medoid: GCA 900761615 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900553475 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: miga PS19A ChengpingW 2017 AS38raw bin 16
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900551625 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: GCA 900555515 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-4 medoid: GCA 905215095 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900551975 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: GCA 900552875 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-4 medoid: miga PS19A CosteaPI 2017 SID713A073 11 90 0 bin 17
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900555355 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: miga PS19A LiuW 2016 SRR3993050 bin 63
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: miga PS19A ChengpingW 2017 AS81raw bin 21
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900552155 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-1-3 medoid: miga PS19A IjazUZ 2017 S119 a WGS megahit bin 5
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-1-2 medoid: miga PS19A LiJ 2014 V1 CD50 0 bin 3
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-2 medoid: GCA 900547805 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-1-3 medoid: miga PS19A LiJ 2014 V1 CD55 0 bin 22
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-1-2 medoid: miga PS19A RaymondF 2016 P21E0 bin 48
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-2 medoid: GCA 900554645 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-1-3 medoid: GCA 900756765 1
    
    AAI clade 42-3-1-1-2 medoid: GCA 900548265 1
    
    AAI clade 42-3-1-2 medoid: GCF 002159765 1
  - AAI clade 42-3-2 medoid: GCA 900551665 1
- AAI clade 42-4 medoid: GCA 015259035 1
- AAI clade 42-5 medoid: GCA 900553605 1
- AAI clade 42-6 medoid: GCA 004348925 1
AAI clade 43 medoid: GCA 001002765 1
AAI clade 44 medoid: GCA 902559935 1
AAI clade 45 medoid: GCA 011371455 1
AAI clade 46 medoid: GCA 000435515 1
AAI clade 47 medoid: Anaerostipes butyraticus GCA 016586355 1
AAI clade 48 medoid: GCF 002835935 1
AAI clade 49 medoid: miga PS19A RaymondF 2016 P20E90 bin 24
AAI clade 50 medoid: GCA 002338255 1
AAI clade 51 medoid: Haloprofundus salinisoli GCA 020097815 1
AAI clade 52 medoid: GCA 900167925 1
AAI clade 53 medoid: GCA 900550065 1
AAI clade 54 medoid: GCA 002314915 1
AAI clade 55 medoid: Rhizorhabdus dicambivorans GCA 002355275 1
AAI clade 56 medoid: GCA 005882335 1
AAI clade 57 medoid: GCA 011065225 1
AAI clade 58 medoid: GCA 016781775 1
AAI clade 59 medoid: GCA 002362595 1
AAI clade 60 medoid: GCA 016214555 1
AAI clade 61 medoid: GCF 014764505 1
AAI clade 62 medoid: GCA 902623215 1
AAI clade 63 medoid: GCA 003514205 1
AAI clade 64 medoid: GCF 009707955 1
AAI clade 65 medoid: GCF 000348745 1
AAI clade 66 medoid: GCA 900772425 1
AAI clade 67 medoid: GCF 003590645 1
AAI clade 68 medoid: GCF 902506105 1
AAI clade 69 medoid: GCF 013407275 1
AAI clade 70 medoid: GCA 015494795 1
AAI clade 71 medoid: GCA 016709995 1
AAI clade 72 medoid: GCA 002493965 1
AAI clade 73 medoid: GCA 009469665 1
AAI clade 74 medoid: GCA 001799635 1
AAI clade 75 medoid: GCA 016650235 1
AAI clade 76 medoid: Ochrovirga pacifica GCA 000220525 2
AAI clade 77 medoid: GCA 009903855 1
AAI clade 78 medoid: GCA 019204045 1
AAI clade 79 medoid: GCA 902783375 1
AAI clade 80 medoid: GCF 000350105 1
AAI clade 81 medoid: GCA 903901345 1
AAI clade 82 medoid: GCA 015075425 1
AAI clade 83 medoid: GCA 001508835 1
AAI clade 84 medoid: GCA 017746715 1
AAI clade 85 medoid: Nocardioides plantarum GCA 006346395 1
AAI clade 86 medoid: GCA 017438285 1
AAI clade 87 medoid: GCA 002712945 1
AAI clade 88 medoid: GCF 002214625 1
AAI clade 89 medoid: GCA 902773215 1
AAI clade 90 medoid: GCA 002723385 1
AAI clade 91 medoid: GCA 019113455 1
AAI clade 92 medoid: GCA 016286935 1
AAI clade 93 medoid: GCA 003566775 1

A collaboration between